I cambiamenti che tu citi sono del tutto arbitrari , cioe' non esistono "video" ufficiali per il daphne,
Yoshi non fa altro che selezionare e catalogare nel suo DAT i video che trova.
Infatti avrai notato che gli stessi identici video sono presenti in piu' formati ( mpg2 , m2v+ogg etc etc).
Non sei obligato ad averli tutti se voi usare il daphne ma puoi avere una sola versione.
Certo che se li hai tutti puoi decidere quale usare, infatti alcuni sono "encodati" davvero male , altri un po meglio.
Altri addirittura dovrebbero essere i rip della versione dvd (rimasterizzata) della digital leisure.
Ti consiglio di scaricarti il daphne downloader che trovi su mamechannel.it nell'apposita sezione
http://www.mamechannel.it/ddl/Ti scarica in automatico il daphne gia configurato ( incorpora un client torrent) e quando lanci i giochi inizia a scaricarli da solo. ( naturalmente i video saranno quelli decisi dagli autori del suddetto programma)